Universitas Negeri Yogyakarta (UNY)
Universitas Negeri Yogyakarta menempati peringkat se-provinsi nomor dua dan peringkat se-Indonesia nomor 20.
Meskipun peringkat dunianya lebih rendah dibandingkan UGM, yaitu nomor 2059, UNY tetap menjadi salah satu universitas terbaik di Yogyakarta.
Universitas Islam Indonesia (UII)
UII, universitas terkemuka di bidang Islam, berada di peringkat se-provinsi nomor tiga dan peringkat se-Indonesia nomor 24.
Dalam peringkat dunia, UII menempati posisi yang baik, yakni nomor 2326.
Universitas Alma Ata (UAA)
Universitas Alma Ata, yang berlokasi di Yogyakarta, menduduki peringkat se-provinsi nomor empat dan peringkat se-Indonesia nomor 31.